অর্থ ও হিসাব বিভাগের কাজ হচ্ছে পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের অনুন্নয়ন বাজেট, নিজস্ব আয় ও ব্যয়সহ সার্বিকভাবে আর্থিক বিষয়সমূহ দেখাশুনা করা এবং কমিশনের আর্থিক বিষয়ে সিদ্ধান্ত গ্রহণের ক্ষেত্রে সহায়তা করা;

অর্থ ও হিসাব বিভাগের প্রধান কার্যাবলী নিম্নরূপঃ

১। পাবলিক বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের আর্থিক চাহিদা নিরুপণ করা;
২। বিশ্ববিদ্যালয়সমূহ পরিদর্শন করা এবং সংশ্লিষ্ট কর্মকর্তাবৃন্দের সাথে বিভিন্ন বিষয়ে আলোচনা এবং যৌথ সভায় অংশ গ্রহণ করা; 
৩। বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের বিভিন্ন আর্থিক বিষয় পরীক্ষা করা এবং সরকার থেকে প্রদত্ত অর্থ যথাযথভাবে ব্যয় করার বিষয়টি নিশ্চিত করা;
৪। বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের অনুন্নয়ন বাজেট ও অন্যান্য আর্থিক চাহিদা সরেজমিনে যাচাই বাছাই করে সরকারের নিকট বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের জন্য কমিশনের প্রস্তাব প্রেরণ এবং মধ্যমেয়াদী বাজেট কাঠামোর আওতায় শিক্ষা মন্ত্রণালয় ও অর্থ মন্ত্রণালয়ের       সাথে যোগাযোগের মাধ্যমে অনুন্নয়ন বাজেট বরাদ্দের ব্যবস্থা করা;

৫। বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের চাহিজদা এবং সরকারের বাজেট বরাদ্দের ভিত্তিতে বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের জন্য বার্ষিক বাজেট বরাদ্দের ব্যবস্থা করা;
৬। বাজেটে অর্থ বরাদ্দ অনুযায়ী সরকার থেকে তহবিল সংগ্রহ এবং বরাদ্দের আলোককে ত্রমাষিক ৪টি সমান কিস্তিতে তা বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের অনুকূলে ছাড়ের ব্যবস্থা করা;
৭। ছাড়কৃত অর্থ যথাযথভাবে ব্যয়করা হয়েছে কিনা তা বিশ্ববিদ্যালসমূহ থেকে প্রেরিত আর্থিক বিবরণীর মাধ্যমে যাচাই করা;
৮। গবেষণা সহায়ক তহবিলের অর্থ বরাদ্দ ও ছাড়ের মাধ্যমে উচ্চশিক্ষা ও গবেষণা ক্ষেত্রে সহায়তা করা;
৯। ইউজিসি এম.ফিল ও পি.এইচডি ফেলোশীপ, ইউজিসি অ্যাওয়ার্ড, ইউজিসি মেধাবৃত্তি, ইউজিসি চেয়ার, রোকেয়া চেয়ার, সার্ক চেয়ার ইত্যাদির অর্থ বরাদ্দ ও অর্থ ছাড়ের ব্যবস্থা করা;
 ১০। বাংলাদেশ বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরী কমিশনের অডিট আপত্তিসমূহ পর্যালোচনা করে বি.এস.আর (ব্রডশীট জবাব) লিখন এবং অডিট আপত্তি না হবার ব্যপারে প্রয়োজনীয় পদক্ষেপ গ্রহণ করা।
১১। পাবলিক একাউন্টস কমিটির বিভিন্ন কার্যক্রমে বাংলাদেশ বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরী কমিশনের মতামত ও প্রয়োজনীয় ভূমিকা পালন করা।
১২। দ্বি-পক্ষীয় এবং ত্রি-পক্ষীয় সভার মাধ্যমে বিশ্ববিদ্যালয়সমূহ ও বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরী কমিশনের অডিট আপত্তিসমূহ নিষ্পত্তিকল্পে বাৎরিক কর্ম পরিকল্পনা তৈরিকরণ এবং শিক্ষা মন্ত্রণালয়, অডিট অধিদপ্তর অন্যান্য অফিসমূহ ও  বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের মধ্যে অডিট সংক্রান্ত বিষয়ে সমন্বয়কারী হিসেবে দায়িত্ব পালন করা।

১৩। প্রতিমাসে বিশ্ববিদ্যালয়সমূহ ও বাংলাদেশ বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরী কমিশনের ক্রমপুঞ্জিত অডিট আপত্তির হালনাগাদ তথ্য মাসিক রিপোর্টের মাধ্যমে শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের প্রয়োজনীয় পদক্ষেন গ্রহণার্থে প্রেরণ করা।

১৪। বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের ব্রডশটি জবাবে (বি.এস.আর) কমিশনের মতামত প্রদানের মাধ্যমে অডিট অধিদপ্তর ও শিক্ষা মন্ত্রণালয়ে পরবর্তী পদক্ষেপ গ্রহণার্থে প্রেরণ করা।

কমিশন কর্তৃক গঠিত পর্যবেক্ষণ সেল এর কর্মপরিধি (TOR)-
ক. পর্যবেক্ষণ সেল বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয় আইন-২০১০ এর আওতায় অর্থ ও হিসাব সংক্রান্ত বিদ্যমান ধারাসমূহ বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয়সমূহে যথাযথভাবে অনুসরণ করা হচ্ছে কিনা তা পর্যালোচনা ও পরীক্ষা করে প্রয়োজনানুসারে কমিশন  কর্তৃপক্ষের নিকট সুপারিশ করা;

খ. বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের আর্থিক ও হিসাব সংক্রান্ত প্রতিবেদন ও নিরীক্ষা প্রতিবেদন বিশ্লেষণ করা;
গ. বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের অর্থ কমিটির সিদ্ধান্ত বিশ্লেষণ, পর্যালোচনা এবং প্রয়োজনীয় ব্যবস্থা গ্রহণের সুপারিশ করা;
ঘ. বিশ্ববিদ্যালয়সমূহের অন্যান্য আর্থিক বিষয় পর্যালোচনা ও প্রয়োজনীয় পদক্ষেপ গ্রহণে সুপারিশ করা;
ঙ. সকল বেসরকারি বিশ্ববিদ্যালয় হতে নির্ধারিত পর্যবেক্ষণ (মনিটরিং) ফি আদায়ের ব্যবস্থা গ্রহণ করা।